Als "heimlicher Gegenpapst" galt der international angesehene Erzbischof von Mailand Kardinal Carlo Maria Martini SJ. In Kontroversen um die kirchliche Lehre und Praxis vertrat der brillante Denker und Rhetoriker offenere Positionen und war viele Jahre die herausragende, wenn nicht die führende Gestalt der italienischen Kirche.
Am 15. Februar 1927 in Turin geboren, trat er mit 17 Jahren dem Jesuitenorden bei, wurde 1952 Priester und promovierte 1958 in Rom über "Das historische Problem der Auferstehung". Nach kurzer Zeit als Dozent in Norditalien ging er ans Päpstliche Bibel-Institut in Rom und erreichte dort bald den wissenschaftlichen Durchbruch. 1969 wurde er Dekan der Fakultät für Bibelwissenschaften, 1978 Rektor der renommierten Päpstlichen Universität Gregoriana. Er verfasste zahlreiche Bücher, vor allem zu biblischen Themen. Viele davon wurden Bestseller und in andere Sprachen übersetzt.
Ende 1979 ernannte Johannes Paul II. den international anerkannten Bibelwissenschaftler zum Erzbischof von Mailand und verlieh ihm 1983 den Purpur. Von 1986 bis 1993, in der Schlussphase des Kalten Kriegs, war er auch Präsident der Europäischen Bischofskonferenzen. Interreligiöse und internationale Beachtung fand er aufgrund seiner Stellungnahmen zu den christlich-jüdischen Beziehungen und seinem Ruf nach "dem Prinzip der Wechselseitigkeit" im Verhältnis zwischen Christen und Muslimen. Seine radikale Offenheit im Gespräch mit Andersdenkenden führte zu seinem in viele Sprachen übersetzten Dialog-Buch mit dem agnostischen Star-Intellektuellen Umberto Eco. Es trug den paradoxen Titel: "Woran glaubt, wer nicht glaubt?" Das Buch erregte in Italien fast so viel Aufsehen wie acht Jahre später in Deutschland der überraschende Dialog zwischen Kardinal Joseph Ratzinger und dem Philosophen Jürgen Habermas.
Als Erzbischof von Mailand leitete Kardinal Carlo Maria Martini 22 Jahre die größte Diözese Europas. Wie kaum ein anderer brachte der brillante und weltoffene Jesuitentheologe den Dialog zwischen Kirche und säkularer Gesellschaft voran. So trat er dafür ein, alle 20 bis 30 Jahre Konzilien abzuhalten, um den Weg der Kirche in der modernen Welt zu hinterfragen. Den Kondomgebrauch durch HIV-Infizierte bezeichnete er als das geringere Übel. Auch eine begrenzte staatliche Anerkennung homosexueller Lebensgemeinschaften zog er in Betracht.
Seinen Abschied aus dem bischöflichen Leitungsamt in Mailand im Jahr 2002 beging der Bibelwissenschaftler an der Spitze einer Diözesanwallfahrt ins Heilige Land. Nach einigen Jahren, in denen er überwiegend in Jerusalem lebte, kehrte er 2008 aufgrund seiner Parkinson-Krankheit endgültig in seine norditalienische Heimat zurück und lebte zuletzt in einem Ordenshaus in Gallarate bei Mailand. Benedikt XVI. traf Martini, den er trotz erheblicher inhaltlicher Differenzen als Mensch und Theologen respektierte und schätzte, mehrmals.
In einem seiner letzten Interviews vor seinem Tod mit dem österreichischen Jesuiten P. Georg Sporschill SJ („Jerusalemer Nachtgespräche“) forderte Kardinal Martini eine stärkere Umkehr der Kirche, die um 200 Jahre zurückgeblieben und müde sei. Die Missbrauchsskandale drängten sie dazu, sich zu bekehren, ihre Fehler zuzugeben und "einen radikalen Weg der Veränderung zu beschreiten". Der Kardinal sprach sich für einen anderen Umgang mit wiederverheirateten Geschiedenen und mit Patchwork-Familien aus. Kardinal Martini starb am 31. August 2012 im Alter von 85 Jahren.
Papst Franziskus bezeichnete Martini als einen „weisen Vorkämpfer für eine weltoffene Kirche“. Er sei für synodalere Kirchenstrukturen eingetreten und habe stets den Dialog auch mit Atheisten gesucht, schrieb der Papst in einem Vorwort zu Texten Martinis über das Gespräch mit Nichtglaubenden. Er habe es stets vermieden, sich in der theologischen Debatte auf starre Positionen zurückzuziehen, sondern habe vielmehr immer kreativ nach Alternativen gesucht, so Franziskus.