Von der Wiederherstellung der Gesellschaft Jesu 1814 und den Anfängen in der Schweiz bis hin zur Vertreibung aus Deutschland 1872 sind die Spuren des Archivs nur schwer zu verfolgen. Offensichtlich jedoch hat es sich noch nicht in Köln befunden. Jedenfalls wechselte der Sitz des Provinzialats häufig (und war nie in Köln) und mit ihm wohl auch der des Archivs, welches zunächst noch bescheidenen Ausmaßes gewesen sein dürfte (Stationen des Provinzialats: 1815 Brig, 1818 Freiburg/Schw., 1820 Brig, 1824-47 Freiburg/Schw., 1847 Straßburg, 1851 Aachen, 1855 Bonn, 1856 Münster, 1859 Bonn, 1863 Maria-Laach, 1870 Bonn). Nach der Vertreibung des Ordens 1872 ging das Archiv mit ins holländische Exil und befand sich - wenn man vernünftiger Weise davon ausgeht, dass es stets am Sitz des Provinzialats aufbewahrt wurde - 1872-84 in Blyenbeck und 1884-1927 Exaeten. Belegt ist seine Aufbewahrung in Exaeten unter den Archivaren Hafner (1901-15) und Mundwiler (1915-27). 1927 siedelte es nach Valkenburg über. Dort wurde es von den Patres Konrad Kirch (1927-29) und Wilhelm Hentrich (1929-37) verwaltet.
Zwischen 1933 und 1937 befand es sich zeitweise in ́s-Heerenberg, während die Archivbücherei in Valkenburg blieb. Beide wurden 1937 wieder in Valkenburg vereinigt.
Als die deutschen Besatzer die Jesuiten 1942 aus Valkenburg vertrieben, hatten die wichtigsten Dinge kurz zuvor in Kisten verpackt und an verschiedenen Stellen ausgelagert werden können. Nach Kriegsende verzichtete man zunächst auf eine Rückführung von Archiv und Bibliothek. Erst im Frühjahr 1960 wurde die Valkenburger Hausbibliothek nach Frankfurt Sankt Georgen verbracht, das Archiv dagegen an den Sitz des Provinzialats der Niederdeutschen Provinz der Jesuiten nach Köln, wo es in einem ehemaligen Theatersaal des Bundes Neudeutschland untergebracht werden konnte. Dort verblieb es bis Ende der 1990er Jahre.
Mit der einen Deutschen Provinz zog im Laufe der Geschichte das eine Provinzarchiv von Ort zu Ort. Bei der ersten Provinzteilung von 1921 entstand in München - dem Provenienzprinzip entsprechend - das Archiv der Oberdeutschen Provinz, während das Archiv der einen Deutschen Provinz (1814-1921) ungeteilt im Archiv der nunmehrigen Niederdeutschen Provinz verblieb, das somit eine Art Stammarchiv der Deutschen Provinz(en) der Gesellschaft Jesu bildete. Allerdings fielen nach einer Vereinbarung der Provinziäle aus den im Provinzarchiv erhaltenen Archivbeständen der alten Gesellschaft Jesu (bis 1773) all jene Stücke an das Archiv der Oberdeutschen Provinz, die sich ganz oder zum größeren Teil auf die Orte, Personen und Sachen des nunmehrigen Umfanges der Oberdeutschen Provinz bezogen. Aufgrund der gespaltenen Rechtsnachfolge für die Provenienzen der alten Gesellschaft (bis dahin hatte die Rechtsnachfolge der 1773 bestehenden vier deutschen Jesuitenprovinzen bei der einen deutschen Provinz gelegen) hatte man sich offensichtlich für die Aufteilung der Bestände nach dem Pertinenzprinzip entschieden.
Bei der Abtrennung der Ostdeutschen Provinz 1931 wurde bzgl. der Bestände der neuen Gesellschaft seit 1814 in gleicher Weise verfahren wie 1921: das bis 1931 entstandene Archivgut blieb ungeteilt auch für die ostdeutschen Pertinenzen beim Archiv der Niederdeutschen Provinz, während in Berlin das Archiv der Ostdeutschen Provinz entstand. Bzgl. der Bestände der alten Gesellschaft fand allerdings das Prinzip der Aufteilung nach Pertinenz von 1921 keine Anwendung mehr. Als die Ostdeutsche Provinz 1978 wieder mit der Niederdeutschen zur Norddeutschen Provinz vereinigt wurde, gelangte auch ihr Archiv nach Köln. Hinzu kam 1989 Schriftgut aus der Zeit von Herbst 1943 bis Kriegsende 1945, als der ostdeutsche Provinzial infolge der Kriegseinwirkungen auf Berlin in der sichereren Ordensniederlassung im schlesischen Oppeln wohnte. Diese Akten waren wohl 1945 bei Übernahme der Residenz durch polnische Jesuiten in den Besitz der Krakauer Provinz (Polonia minor) übergegangen. Von Krakau kamen die „Oppeln-Akten“ 1989 in das Archiv der Norddeutschen Provinz nach Köln.
Als Ende der 1990er Jahre eine Vereinigung der beiden deutschen Jesuitenprovinzen immer deutlicher in den Blick trat und das Kölner Provinzialat 1999 innerhalb der Stadt in ein kleineres Haus umzog, welches nach der anvisierten Provinzvereinigung als Niederlassung weitergeführt werden sollte, stellte sich auch die Frage, einen neuen Standort für das Archiv der Norddeutschen Provinz zu finden. Um einen zweimaligen Umzug des gesamten Archivs, das zu diesem Zeitpunkt einen Umfang von etwa 1,8 Regalkilometern hatte, innerhalb weniger Jahre zu vermeiden, entschloss man sich bereits damals, das Archiv an den ins Auge gefassten Sitz des neuen gesamtdeutschen Provinzialats nach München zu verlegen. Der Umzug erfolgte im Herbst 2000.
Mit der Vereinigung der beiden deutschen Jesuitenprovinzen zum 31. Juli 2004 erfolgte auch die Zusammenführung der beiden bisherigen Provinzarchive. Am 27. April 2021 wurden die deutsche, österreichische, schweizerische und litauisch-lettische Ordensprovinz vereinigt und als Zentraleuropäische Provinz (ECE) neu errichtet. Die Provinzarchive in Wien, Zürich und Vilnius blieben als Archivstandorte erhalten, erfahren Zuwächse aber künftig nur noch aus den auf ihrem Territorium bestehenden Ordenshäusern. Die Abgaben des ECE-Provinzialats, der Häuser auf dem Gebiet der deutschen Region, der Mitglieder der Provinz (Personennachlässe) sowie der Werke und Einrichtungen werden am Archivstandort in der Kaulbachstraße in München archiviert.
Stammarchiv der deutschen Provinzen der Gesellschaft Jesu ab 1814: Missio Helvetica und Oberdeutsche bzw. Oberdeutsche und Niederdeutsche Provinz (1810-1852); Deutsche Provinz (1853-1921); Niederdeutsche Provinz (1921-1977); Oberdeutsche Provinz (1921-2004); Ostdeutsche Provinz (1931-1977); Norddeutsche Provinz (1978-2004); Deutsche Provinz (2004–2021); Zentraleuropäische Provinz (seit 2021) – Zentralarchiv für die Provinzbehörden und die literarische Produktion der Provinzmitglieder sowie nachgeordnetes Archiv für die Niederlassungen der Deutschen Region, der Werke und Mitglieder der Provinz.
