Paul Miki (geboren 1564) entstammte einer wohlhabenden Familie, die in der Nähe von Osaka lebte. Durch die Bekehrung seiner ganzen Familie wurde er mit ungefähr vier Jahren Christ. Im Alter von zwanzig Jahren trat er in das von Jesuiten geführte Priesterseminar in Azuchi und zwei Jahre später in die Gesellschaft Jesu ein. Miki entwickelte sich zu einem gesuchten Redner, dessen Überzeugungskraft viele Bekehrungen von Buddhisten zum Christentum zur Folge hatte. Die in den Städten Arima und Omura ansässigen Christen baten ihn immer wieder, bei ihnen zu predigen.
Die Mission in Japan, begonnen von Franz Xaver bei seiner Ankunft 1549, verlief zunächst erfolgreich - um 1590 gab es etwa 200.000 Christen, die fast alle in Zentraljapan oder auf der südlichen Insel Kyushu in und um Nagasaki lebten. 1587 jedoch, nach der Einnahme der Philippinen durch die Spanier, begannen japanische Führer den wachsenden Einfluss des Christentums und eine Eroberung durch die Europäer zu fürchten. Der Herrscher Japans, Toyotomi Hideyoshi erließ deshalb ein Dekret, das alle ausländischen Geistlichen aus Japan verbannte. Da Hideyoshi weiterhin am Handel mit den Portugiesen interessiert war, hatte dieser Erlass jedoch praktisch kaum Folgen. So konnten die Missionare ihre Arbeit größtenteils fortsetzen. Die Lage spitzte sich zu, als ein spanisches Schiff, die San Felipe, 1596 auf seinem Weg von Mexiko nach Manila vor der japanischen Küste Schiffbruch erlitt. Als die Ladung konfisziert wurde, machte der Kapitän eine Bemerkung, die als Androhung einer Invasion durch die Spanier verstanden wurde. Daraufhin wurden auf Anordnung Hideyoshis alle spanischen Franziskaner, die 1593 von den Philippinen gekommen waren, gefangen genommen. Zusammen mit ihnen verhaftete die Polizei auch Paul Miki, Jakob Kisai und Johannes de Goto, einen Scholastiker.
Jakob Kisai (1533-1597) wurde in der Nähe von Okayama geboren, von einem buddhistischen Bonzen erzogen und erst später getauft. Er heiratete eine ebenfalls zum Christentum bekehrte Frau und hatte mit ihr ein Kind. Doch seine Frau kehrte zu ihrem ursprünglichen buddhistischen Glauben zurück, worauf er sich von ihr trennte und sein Kind in einer christlichen Familie unterbrachte. Er selbst fand Arbeit in Osaka als Hausdiener bei den Jesuiten, die ihn später zum Katechisten machten. 1596 wurde er als Bruder in den Orden aufgenommen.
Johannes de Goto (1578-1597) wurde als Sohn christlicher Eltern auf einer der Inseln des Goto-Archipels geboren und übersiedelte mit seiner Familie nach Nagasaki, als der Fürst von Goto begann, die Christen zu verfolgen. Mit 15 Jahren bat er um Aufnahme in die Gesellschaft Jesu, wirkte aber zunächst als Katechist in Osaka. Möglicherweise war er bei seiner Verhaftung bereits Scholastiker.
Die drei Jesuiten wurden in das heutige Kyoto gebracht, wo sie gemeinsam mit sechs Franziskanern und weiteren 17 japanische Christen gefangen gehalten wurden. Sie alle wurden zum Tod durch Kreuzigung verurteilt. Die Hinrichtung sollte in Nagasaki vollzogen werden: zur Abschreckung trieb man die Gefangenen 1000 Kilometer zu Fuß durch die Winterkälte. Obwohl sie auf ihrem Weg von einer großen Menschenmenge beschimpft und verhöhnt wurden, predigten Paul Miki und ein Franziskaner dennoch weiterhin zu den Leuten. Vor dem Eintreffen in Nagasaki konnte Paul Miki seine Gelübde erneuern, Johannes de Goto und Jakob Kisai legten ihre ersten Gelübde ab. Auf einem Hügel außerhalb der Stadt wurden alle 26 am 5. Februar 1597 gekreuzigt.
Die 26 Märtyrer von Nagasaki wurden von Papst Urban VIII. 1627 selig- und von Papst Pius IX. 1862 heiliggesprochen. Ihr Gedenktag ist der 6. Februar.